Pipelines bioinformáticos reproducibles

Reto

Los análisis ómicos suelen depender de scripts aislados, entornos no controlados y procesos difíciles de repetir. Esto limita la trazabilidad, complica la validación de resultados y dificulta escalar o reutilizar los análisis en nuevos proyectos.

Solución

En Epsilonomics diseñamos y desarrollamos pipelines bioinformáticos reproducibles, modulares y escalables para datos genómicos, transcriptómicos y otros datos ómicos.

Construimos workflows que pueden ejecutarse de forma consistente en distintos entornos, ya sea local, HPC o cloud, incorporando control de versiones, documentación, automatización y containerización desde el inicio.

Trabajamos en

• Pipelines end-to-end para análisis ómicos.

• Variant calling germinal y somático.

• Ensamblaje genómico con short reads y long reads.

• Desarrollo de herramientas de polishing para long reads.

• Análisis de expresión génica y transcriptómica.

• Automatización de workflows bioinformáticos.

• Containerización de herramientas y entornos.

• Integración en entornos HPC, cloud y sistemas reproducibles.

• Estandarización de procesos para equipos de investigación y laboratorios.

Impacto

Ayudamos a transformar análisis dispersos en workflows robustos, documentados y reutilizables. Esto permite obtener resultados consistentes, reducir errores, mejorar la trazabilidad y facilitar que los análisis puedan auditarse, escalarse y transferirse a otros equipos o proyectos futuros.